2000年，面对洋山深水港、航空港开发建设的契机，促进区域经济的繁荣，由当时的农工商集团与南汇区人民政府共同合作组建设立了深水港经济园区。园区主要承担南汇地区境内的国有农场土地开发、招商引资及开发建设。
2006年，为适应上海产业结构调整，经上海市人民政府批准，组建了上海光明食品集团。作为园区的企业法人——上海深水港经济投资发展有限公司，隶属于上海光明食品集团东海总公司旗下。上海深水港经济园区，是光明集团参与临港发展战略的重要窗口，也是东海总公司经济转型的出发前沿。
2009年8月9日，经国务院批准，南汇区被归并浦东新区，临港地区发展进入提速阶段。从此，上海深水港经济园区被明确属于浦东新区，标志着园区可以更加充分地发挥浦东新区的区域综合优势。
园区地处南汇新城（滴水湖）及东海总公司境内。 园区在招商引资上可以享受浦东新区的相关政策优惠，同时，园区可以为注册企业的创业发展提供量体裁衣式的一流服务。客户的实惠和满意度，就是园区工作的方向。
